Afin d’essayer de déterminer si le microbiome pulmonaire de patients atteints de bronchectasies non mucoviscidosiques (non CF) était stable dans le temps et d’étudier sa corrélation avec leur évolution clinique, M.J. Cox, et al. (Londres) ont mené une étude sur 76 patients consécutifs atteints de bronchectasies non CF (Déc. 2010-Mai 2011) chez qui était recueillie mensuellement une expectoration avec un prélèvement supplémentaire en cas d’exacerbation (122 au total).
Pour chaque prélèvement (381 au total, dont 56 patients avec au moins 6 prélèvements), un séquençage génétique des ARN16s était associé à une PCR quantitative pour déterminer le type de bactéries et leur charge respective.
Pseudomonas æruginosa (PA) était l’organisme le plus fréquemment identifié par culture standard (121/381 échantillons ; 34/76 patients, 30 % du total des patients ayant au moins un épisode antérieur documenté de colonisation à PA), le séquençage génétique de l’ARN16S permettant de l’identifier dans 237 échantillons et chez 68 patients. Lorsqu’il était présent en tant qu’unité taxonomique opérationnelle (OTU, unité de base de l’analyse phylogénétique), Hæmophilus était l’organisme dominant tandis que Streptococcus était l’OTU la plus fréquente. Le fait de recevoir une antibioprophylaxie était associé à une moindre richesse d’espèces et à une moindre rentabilité de la culture standard, et si du PA mucoïde était isolé en culture, la diversité était également moindre. L’analyse longitudinale montrait quant à elle, par une technique complexe, que le microbiome respiratoire était largement personnel à chaque patient et qu’il pouvait, dans certains cas, être très stable dans le temps ou varier au gré des événements cliniques voire mensuellement. La généralisation de ces résultats à l’ensemble de la cohorte et la corrélation entre la variabilité et l’évolution clinique étaient limitées par la diversité d’étiologie de ces bronchectasies non CF.
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Frédéric SCHLEMMER
D’après la communication de M.J. Cox au cours de la session B14 : Bronchiectasis
Longitudinal Analysis of the Non-Cystic Fibrosis Bronchiectasis Microbiome. M.J. Cox, et al. Londres/Royaume-Uni. Am J Respir Crit Care Med 191 ; 2015 :A2440
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