Le Dr Sanjay Haresh Chotirmall a établi les points clés illustrant l’importance d’étudier le microbiome pulmonaire dans le cadre des DDB. Il a passé en revue les techniques de “OMICS” qui pourront aider dans un futur plus ou moins proche le clinicien dans la prise en charge des patients porteurs de DDB.

L’implication du microbiome pulmonaire dans la physiopathologie et l’évolution des dilatations des bronches (DDB) a été tardivement le fruit d’actives recherches. En effet, comparativement au nombre exponentiel de publications concernant le microbiome digestif, l’intérêt suscité par le microbiome pulmonaire est relativement récent. Mais on sait aujourd’hui que l’analyse du microbiome permet d’identifier des patients à “haut-risque”de DDB et que la réduction de la diversité du microbiome est associée à une forme plus sévère de DDB, avec une fréquence accrue des exacerbations et une mortalité plus élevée.

Les interactions microbiennes liées à des profils de patients plus exacerbateurs

L’analyse du microbiome a révélé la présence de mycobiome associé à des profils de maladies et de patients différents. Il a aussi été montré récemment l’importance de l’interaction microbienne dans la survenue des exacerbations 1. Il semblerait même que cette interaction soit plus importante que l’identification des germes eux-mêmes. Cet “interactome”, et plus spécifiquement l’interaction entre Pseudomonas aeruginosa et certains autres microbes, permet également l’identification de profils de patients exacerbateurs fréquents.

Microbiome, résistance aux antibiotiques et environnement

L’analyse du microbiome fournit également un modèle prédictif de réponse aux antibiotiques. Le “résistome” des macrolides, associé au microbiote, a été établi par des analyses de métagénomique 2. Le microbiome est un outil de compréhension des chevauchements entre DDB et BPCO, permettant d’identifier 5 phénotypes caractérisés par son association au protéome 3. L’analyse du microbiome est aussi un outil permettant la découverte de pathobiontes, ces organismes non pathogènes par eux mêmes mais ayant un rôle dans la physiopathologie de la DDB. Enfin, l’analyse du microbiome a permi de souligner l’importance de l’environnement comme source de pathogènes pour le patient. L’analyse du microbiome des dispositifs d’inhalation a identifié une source potentielle de réservoirs de germes multi-résistants soulignant l’importance de tenir compte de l’environnement des patients dans leur prise en charge.

Louise Bondeelle, Département de microbiologie et de biologie moléculaire, Université de Médecine de Genève, Suisse


D’après la communication 2178 « The role of microbiome analysis in the pathophysiology and clinical management of bronchiectasis”, présentée par Sanjay Haresh Chotirmall (Singapour); Session “Bronchiectasis: how recent advances in research can support personalised medicine in practice”, du Lundi 5 septembre 2022.

  1. Mac Aogáin M, Narayana JK, Tiew PY, et al. Integrative microbiomics in bronchiectasis exacerbations. Nat Med. 2021;27(4):688-699.
  2. Mac Aogáin M, Lau KJX, Cai Z, et al. Metagenomics Reveals a Core Macrolide Resistome Related to Microbiota in Chronic Respiratory Disease. Am J Respir Crit Care Med. 2020;202(3):433-447.
  3. Chotirmall SH, Bogaert D, Chalmers JD, et al. Therapeutic Targeting of the Respiratory Microbiome. Am J Respir Crit Care Med. 2022;206(5):535-544.
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