Le consortium Human Cell Atlas (HCA) a pour objectif d’établir un atlas de tous les organes du corps humain sain à l’échelle unicellulaire, afin d’améliorer notre compréhension des processus biologiques fondamentaux qui régissent le développement, la physiologie et l’anatomie, et d’accélérer le diagnostic et le traitement des maladies. Dans cette session, des exemples d’utilisation de l’Atlas pulmonaire ont été donnés illustrant sa valeur pour la recherche fondamentale et translationnelle sur les maladies pulmonaires.

L’objectif de discovAIR est d’apporter la preuve de principe qu’un atlas cellulaire de référence de haute qualité d’un poumon sain peut être utilisé en combinaison avec des ensembles de données provenant de tissus pulmonaires de patients atteints de maladies pulmonaires pour identifier les états cellulaires associés à la maladie et les interactions cellule-cellule 1. Les différentes méthodes de laboratoire combinant le profilage transcriptionnel et épigénétique unicellulaire avec des techniques de résolution spatiale sur des échantillons pulmonaires ont été passées en revue 2. L’application de ces techniques a montré que notre connaissance de la composition cellulaire du poumon est incomplète et de nouveaux types de cellules, tels que les ionocytes pulmonaires, ont été identifiés. Les maladies pulmonaires sont très hétérogènes et plusieurs phénotypes ainsi que des endotypes peuvent être observés pour presque toutes les maladies pulmonaires chroniques. La découverte par ces techniques de fibroblastes particuliers, péribronchiques, apparaît comme une piste prometteuse 3. En effet, ils semblent être associés à la fois à la BPCO et à la FPI et leur étude approfondie permettrait une meilleure compréhension de ces maladies et ouvriraient de nouvelles pistes thérapeutiques. De la même manière, une niche unique de plasmocytes producteurs d’immunoglobuline A (IgA) dans la glande sous-muqueuse, a été révélée par des analyses spatiales de transcriptomiques unicellulaires. Grace à cette découverte, le rôle des IgA dans la réponse antivirale pourrait être mieux analysé et exploité dans un futur que l’on espère proche.

Louise Bondeelle, Département de microbiologie et de biologie moléculaire, Université de Médecine de Genève, Suisse


D’après la communication 2242 « A unique IgA-producing plasma cell niche in submucosal glands revealed by spatially informed single-cell transcriptomic analyses » d’Amanda Oliver (Cambridge, Royaume-Uni); Session 270 “The human Cell Atlas: a universal reference for all respiratory scientists” du Lundi 5 septembre 2022.

  1. Luecken MD, Zaragosi LE, Madissoon E, et al. The discovAIR project: a roadmap towards the Human Lung Cell Atlas. Eur Respir J. 2022;60(2):2102057.
  2. Kleshchevnikov V, et al. Comprehensive mapping of tissue cell architecture via integrated single cell and spatial transcriptomics. bioRxiv 2020;2020.11.15.378125-2051.11
  3. Adams TS, Schupp JC, Poli S, et al. Single-cell RNA-seq reveals ectopic and aberrant lung-resident cell populations in idiopathic pulmonary fibrosis. Sci Adv. 2020;6(28):eaba1983.
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